目前兽药残留的主要原因是兽药选择错误和使用违禁药物，不遵守休药期，饲料原料或加工过程中混入的化学物，其中滥用兽药是最常见的因素，当然也与兽药质量不过关有一定的关系。
兽药残留直接或间接对人类身体健康产生危害：动物源耐药病原菌可沿食物链的传递扩散。以盐酸克伦特罗为例，食用了含高浓度盐酸克伦特罗的猪肝会使人呼吸加快。成年人若摄入20微克的盐酸克伦特罗则会急性中毒，儿童5微克即会中毒。
兽药抗生素的残留为何会严重并且违禁药品何以屡禁不止?这跟检测标准不健全、错误选择兽药、兽药质量不过关等有直接关系。同时利益是最大的驱动者，有些猪贩和经销商受利益驱使，为抢占市场，恶意使用违禁药物或推荐使用大剂量的抗生素。
其中滥用兽药最为严重，比如选用对病原菌无效或疗效差的药物、剂量过大、用于无细菌并发症的病毒感染、病原菌产生耐药后继续用药、不及时停药、产生耐药菌二重感染时未改用其他药物、给药途径不正确、产生严重毒性或应激反应时继续用药、应用不恰当的抗菌药物组合、过分依赖抗菌药物的防治。
抗生素的残留是业内的统一认识，并且目前各式各样的替代物不断在市场中活跃，取消抗生素在饲料中的添加不可行。禁止在饲料中添加，并不会减少药物整体用量，因为后期药物治疗用量相应增加了。丹麦等欧盟国家在饲料中禁用抗生素的报告就说明了这些问题。
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